Fachartikel

Ausgewählte Veröffentlichungen von uns

Einige unserer Mitarbeiter und Kooperationspartner haben Fachartikel veröffentlicht. Nachfolgend haben wir die besonders lesenswerten als Auswahl aufgelistet.

Torsten Weber

(Keine) Zeit für Herzrasen! – Wie Entschleunigung mit Innovationskraft einhergeht

Torsten Weber, Nadine Swibenko
dot.net magazin, 1/2.2008

Jeder kennt sie: Sie schleicht und eilt, sie schlägt Wunden und sie heilt. Jeder hat an ihr teil, sie hasst keinen, keiner tut ihr leid. Viele fragen sich, wo sie geblieben ist, aber die wenigsten denken je über sie nach: die Zeit. Ein Rückblick auf die letzten Wochen, Monate, Jahre vermittelt für viele den Eindruck, dass sich die Welt immer schneller dreht, dass für nichts mehr ausreichend Zeit ist. Schon wieder Silvester, vor und hinter einem liegt ein Jahr harter Arbeit. Innovation findet aber nicht auf der Überholspur statt. Das gilt nicht nur bei Softwareentwicklungsprojekten. Eine Reflexion über Tempo, Beschleunigen und Runterschalten.

Gunnar Boldhaus

Prediction of lethal and synthetically lethal knock-outs in regulatory networks

Gunnar Boldhaus, Florian Greil, Konstantin Klemm
Theory in Biosciences, 2012

The complex interactions involved in regulation of a cell’s function are captured by its interaction graph. More often than not, detailed knowledge about enhancing or suppressive regulatory influences and cooperative effects is lacking and merely the presence or absence of directed interactions is known. Here, we investigate to which extent such reduced information allows to forecast the effect of a knock-out or a combination of knock-outs. Specifically, we ask in how far the lethality of eliminating nodes may be predicted by their network centrality, such as degree and betweenness, without knowing the function of the system. The function is taken as the ability to reproduce a fixed point under a discrete Boolean dynamics. We investigate two types of stochastically generated networks: fully random networks and structures grown with a mechanism of node duplication and subsequent divergence of interactions. On all networks we find that the out-degree is a good predictor of the lethality of a single node knock-out. For knock-outs of node pairs, the fraction of successors shared between the two knocked-out nodes (out-overlap) is a good predictor of synthetic lethality. Out-degree and out-overlap are locally defined and computationally simple centrality measures that provide a predictive power close to the optimal predictor.

Robustness of Boolean dynamics under knockouts

Gunnar Boldhaus, Nils Bertschinger, Johannes Rauh, Eckehard Olbrich, Konstantin Klemm
Physical Review E, 2010

The response to a knockout of a node is a characteristic feature of a networked dynamical system. Knockout resilience in the dynamics of the remaining nodes is a sign of robustness. Here we study the effect of knockouts for binary state sequences and their implementations in terms of Boolean threshold networks. Besides random sequences with biologically plausible constraints, we analyze the cell cycle sequence of the species Saccharomyces cerevisiae and the Boolean networks implementing it. Comparing with an appropriate null model we do not find evidence that the yeast wildtype network is optimized for high knockout resilience. Our notion of knockout resilience weakly correlates with the size of the basin of attraction, which has also been considered a measure of robustness.

Regulatory networks and connected components of the neutral space – A look at functional islands

Gunnar Boldhaus, Konstantin Klemm
European Physical Journal B, 2010

The functioning of a living cell is largely determined by the structure of its regulatory network, comprising non-linear interactions between regulatory genes. An important factor for the stability and evolvability of such regulatory systems is neutrality – typically a large number of alternative network structures give rise to the necessary dynamics. Here we study the discretized regulatory dynamics of the yeast cell cycle [Li et al., PNAS, 2004] and the set of networks capable of reproducing it, which we call functional. Among these, the empirical yeast wildtype network is close to optimal with respect to sparse wiring. Under point mutations, which establish or delete single interactions, the neutral space of functional networks is fragmented into ≈ 4.7 × 108 components. One of the smaller ones contains the wildtype network. On average, functional networks reachable from the wildtype by mutations are sparser, have higher noise resilience and fewer fixed point attractors as compared with networks outside of this wildtype component.

Carsten König

Schummeln mit F#

Carsten König
dotnetpro, 11/2015

Anhand eines kleinen Puzzles wird gezeigt, wie Sie dieses in F# modellieren, eine Lösungsstrategie erarbeiten und diese anschließend optimieren können.

Parallele Apfelmännchen

Carsten König
dotnetpro, 7/2015

F# macht es einfach, Algorithmen zu parallelisieren und zu optimieren.

Volle Kraft voraus

Carsten König
dotnetpro, 7/2013

Moderne Rechner haben mehrere Prozessorkerne. Nur asynchroner Code nutzt die Kerne optimal. In F# gibt es dafür asynchrone Workflows und Agents – sogar schon länger als Async und Await in C#.

Würfeln mit F#

Carsten König
dotnetpro, 2/2013

Monaden sind ein abstrakter Aspekt der funktionalen Programmierung, der oft für Verwirrung sorgt. Dass die Praxis ganz einfach ist, zeigt dieser Artikel anhand eines kleinen Baukastens zum Berechnen von Wahrscheinlichkeiten.

Klassen, funktional serviert

Carsten König
dotnetpro, 11/2012

F# gilt zwar als funktionale Sprache, doch als vollständiges Mitglied der Familie der .NET-Sprachen erlaubt es natürlich auch, mit Objekten zu arbeiten. Das Beispiel einer einfachen Vektorklasse zeigt, wie.

Johannes Hoppe

Tests in allen Schichten

Johannes Hoppe
dotnetpro, 4/2015

AngularJS und Microsofts Web-Stack ergänzen sich ideal. Beim Einbinden von AngularJS in .NET-Anwendungen soll auch das Testen nicht zu kurz kommen.

Solides Handwerk

Johannes Hoppe
dotnetpro, 3/2015

AngularJS und Microsofts Web-Stack ergänzen sich ideal. Bei der Integration von AngularJS in eigene .NET-Anwendung hilft eine Reihe von Entwurfsmustern und Frameworks.

Gute Kommunikation

Johannes Hoppe
dotnetpro, 2/2015

Entwurfsmuster und Frameworks zum Einbinden von AngularJS in .NET-Anwendungen.

Am Anfang war das Modul

Johannes Hoppe
dotnetpro, 1/2015

AngularJS und der Microsoft Web Stack ergänzen sich ideal. Eine Auswahl von Entwurfsmustern und Frameworks hilft bei der Integration in die .NET-Anwendung.

Sicherheit von Webanwendungen

Johannes Hoppe
Hakin9, 7/2012

Es ist ein enormer Aufwand eine kompromittierte Website nachträglich auf ihre Sicherheit zu prüfen. Die Kenntnis über bekannte Schwachstellen vermeidet hingegen Fehler bereits während der Entwicklung.

Martin Hey

Zu Hause im globalen Dorf

Martin Hey
dotnetpro, 07/2012

Internationalisierte Domainnamen ermöglichen die Verwendung von Umlauten und Sonderzeichen. Aber was steckt dahinter, und wie kann der Algorithmus in .NET verwendet werden?

Erstellen Sie Ihren eigenen Build

Martin Hey
dotnetpro, 02/2011

Team Foundation Server 2010 bietet durch die Implementierung der Team Builds auf der Basis der Workflow Foundation 4 eine gute Voraussetzung, um eigene Anpassungen am Build durchzuführen. Dieser Artikel zeigt anhand von zwei Beispielen, wie Sie den Build-Workflow anpassen können, indem Sie eigene Activities definieren und in Ihren Build-Workflow integrieren.

Cross-Platform Messaging

Martin Hey
dotnetpro, 12/2010

Wie schwierig ist es eigentlich, von .NET auf den Java Message Service zuzugreifen? Mit den passenden Tools und Frameworks ist es ganz einfach! Dieser Artikel beschreibt, wie Sie mithilfe von Spring.NET und Apache ActiveMQ ein einfaches, auf JMS basierendes Request/Response-Szenario aufbauen.

Mike Bild

Kleinteilig und großartig

Andreas Helmberger, Mike Bild
dotnetpro, 12/2015

Wer eine Anwendung in viele kleine Dienste aufteilen will, sollte diese Regeln beachten.

Klein, lokal und modular

Mike Bild
dotnetpro, 4/2015

Microservices sagen monolithischen Architekturen den Kampf an. Sie sind flexibel und ermöglichen es, schnell auf Anforderungen zu reagieren und mit ihnen zu wachsen.

Kontinuierlich im Fluss

Mike Bild
dotnetpro, 12/2013

CEP? Das ist doch so ein Pattern für die Verarbeitung riesiger Datenmengen in Echtzeit. Von wegen: Dieser Artikel zeigt, dass dieses Muster sehr sinnvoll auch in Ihre Anwendungen passt.

Olga Sheshukova

Rickettsia aeschlimannii in Hyalomma marginatum ticks

Leonid Rumer, Elmara Graser, Timo Hillebrand, Thomas Talaska, Hans Dautel, Oleg Mediannikov, Panchali Roy-Chowdhury, Olga Sheshukova, Oliver Donoso Mantke, Matthias Niedrig
Emerging Infectious Diseases, Publisher National Center for Infectious Diseases (U.S.), 2/2011

Rickettsia spp. of the spotted fever group cause worldwide emerging human infections known as tick-borne rickettsioses (1). Data on the occurrence and prevalence of Rickettsia in Germany are still limited (2). Six Rickettsia species have been reported to date (2). R. helvetica, R. felis, R. massiliae, and R. monacensis were detected with a relatively low prevalence in Ixodes ricinus ticks collected in southern Germany (2); R. raoultii was identified with high prevalence in the rapidly expanding area where D. reticulatus ticks are found (2). R. raoultii was recently recognized as an agent of tick-borne lymphadenopathy/Dermacentor-borne necrosis and erythema lymphadenopathy (3). Low prevalence of another tick-borne lymphadenopathy agent, R. slovaca, in Dermacentor marginatus ticks collected in southern Germany was recently reported (4).

Sascha Dittmann

Schwergewichte zähmen

Sascha Dittmann
dotnetpro, 4/2013

Mit HDInsight geht Microsoft einen Schritt voran und erleichtert .NET-Entwicklern die Arbeit mit Apache Hadoop, das für die Handhabung von richtig großen Datenmengen im Petabyte-Bereich geschrieben wurde.