DNA-Hochdurchsatz-Sequenzierung NGS

Große Datenmengen, schwierige Analyse

Neue Sequenziertechnologien ermöglichen ein extrem schnelles Auslesen genomischer Informationen (DNA) in immensem Umfang bei gleichzeitig hoher Qualität. Über 50 konkrete biologisch-medizinische Fragestellungen lassen sich mit Hilfe von Next-Generation Sequencing (NGS) beantworten. Entsprechend verbreiten sich die Maschinen rasant im Bereich der Forschung, der Diagnostik und zunehmend auch im klinischen Umfeld. Komplexe bioinformatische Verfahren sind notwendig um die dabei anfallenden Daten auszuwerten und in nutzbare Erkenntnisse zu überführen.

Vielfältige Anwendungsgebiete

  • Genetische Tests
    • Diagnostik von Erbkrankheiten
    • Pharmakogenomik
    • Pränatales und Neugeborenen Screening
    • Forensik
  • Detektion von Biomarkern und differentiell exprimierter Gene
  • Untersuchungen der Biodiversität und Metagenomik
  • Genom-Assemblierung
  • Epigenetik

Sequenziertechnologien und Protokolle

Methodik, Vorteile und Fehlerquellen werden vorgestellt:

  • (alt) Sanger Sequenzierung
  • Illumina Sequenzierung
  • 454 Sequenzierung
  • Ion Torrent Sequenzierung
  • PacBio Sequenzierung
  • Nanopore Sequenzierung

Verschiedene Protokolle

  • RNA-Seq
  • smallRNA-Seq
  • DNA-Seq
  • Exome-Seq
  • ChIP-Seq
  • Bisulfite-Seq

Grundlagen der NGS Datenanalyse

  • Datenformate für Sequenzen (FASTQ)
  • Durchführen von Qualitätskontrolle und Vorverarbeitung (Adapter Clipping, Trimming)
  • Einführung in Read Alignment
  • Vergleich Alignment Tools wie BWA, Bowtie2, TopHat
  • Datenformate für Alignments (SAM / BAM Format)
  • Die Nutzung wichtiger NGS-Werkzeuge wie samtools, BEDtools
  • Auswertung der Alignments, Mapping Statistiken
  • Visualisierung der Alignments

Differentielle Expression Analyse mit RNA-Seq

  • RNA-Seq Alignment (STAR, TopHat)
  • Quantifizierung der Expression von Genen, Isoformen und Exonen
  • Statistik der differentiellen Expression (DE)
  • Praktische DE-Analysen mit Bioconductor

Technische Herausforderungen

  • Welche Infrastruktur / wieviel Speicher für NGS-Analysen benötigt wird
  • Welche Software bzw. welche Werkzeuge sich für NGS-Anwendungen verwenden lassen
  • Wie sich NGS Auswertungen automatisieren lassen
Unsere Veranstaltungsorte von dieser / diesem SchulungTrainingSeminarKurs (nach oben)Berlin, Dresden, Frankfurt am Main, Hamburg, Hannover, Karlsruhe, Köln, Leipzig, Magdeburg, München, Stuttgart und Inhouse.

Fortbildung oder Weiterbildung zu DNA-Hochdurchsatz-Sequenzierung NGS – wir setzen nur auf erfahrene Talente als DNA-Hochdurchsatz-Sequenzierung NGS Trainer. Das Credo von Dr. Mario Fasold lautet „Überlappen sich Softwaretechnik und Genomforschung wird es spannend“. Mehr zu ihm und den Beweggründen unserer anderen Trainer erfahren Sie bei seiner Biographie (direkt erreichbar per Bild).